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Objetivou-se comparar o uso e a eficiência de duas técnicas de avaliação da morfologia dos espermatozoides equinos. Foram utilizados um total de 23 ejaculados de cinco garanhões com idade entre três e dez anos. Após a coleta de sêmen, a morfologia espermática foi realizada por meio de duas técnicas de coloração, sendo: Eosina-Nigrosina e Rosa de Bengala, com auxílio de microscópio óptico (aumento de 400×). Avaliou-se as alterações de cabeça, cauda, gota citoplasmática proximal, gota citoplasmática distal, acrossoma, peça intermediária, formas teratológicas e total de alterações. Ademais, classificou-se também as alterações com base em defeitos maiores e menores. Não houve diferença (p>0,05) para as alterações de cabeça, cauda, gota citoplasmática distal, formas teratológicas, total de alterações morfológicas e defeitos maiores e menores nas duas metodologias. O uso do corante Eosina-Nigrosina promoveu maior (p<0,05) porcentagens de gota citoplasmática proximal. Conclui-se que ambas técnicas de coloração espermática são eficientes para a detecção de alterações morfológicas no ejaculado in natura de equinos.