Devido ao grande crescimento turístico no estado de Quintana Roo, a Lagoa de Bacalar vem recebendo muitos visitantes a cada ano, porém isso acaba prejudicando o crescimento ecológico do local, com isso, realizou-se analises microbiológicas de seis pontos elegidos, seguindo a metodologia proposta pela Norma Méxicana NMX -AA-042-SCFI-2015, de alguns pontos mais frequentados da lagoa. Obteve-se que o ponto de Colatitos apresentou 2.400 NMP/g, seguido pelo Balneário Municipal e Parque Ecológico com 1.100 NMP/g, todos com valores acima do limite máximo permissível. Conclui-se, que há a necessidade de uma maior fiscalização por parte do governo e conscientização dos moradores e turistas, para que não haja a poluição total da Lagoa.