A citologia é o ramo da biologia que estuda a célula, unidade básica e funcional dos organismos vivos. Compreendendo a importância deste conteúdo microscópico e as dificuldades encontradas durante sua compreensão, o objetivo do presente estudo foi acrescentar informações sobre os desafios do ensino-aprendizado de citologia, e propor uma solução metodológica que possa ser utilizada na área. A realização do estudo se deu através da aplicação de questionário por meio do “Google Formulários”, elaborado com questões discursivas, com finalidade de observar quais as metodologias adotadas e as experiências adquiridas durante o ensino do conteúdo de citologia e questões objetivas, com o intuito de compreender as dificuldades enfrentadas durante o processo de ensino-aprendizado desta temática. Os resultados apontaram que os professores têm dificuldades em lecionar conteúdos imperceptíveis ao olho humano, mas buscam alternativas para sanar estas dificuldades. Diante destes resultados, sugere-se que a adoção de imagens e vídeo 3D, possam amenizar a falta de equipamento de microscopia nas escolas e auxiliar na compreensão do conteúdo pelos alunos, possibilitando a visualização de estruturas microscópicas.