Diversos desafios tem contribuído para a consolidação de pesquisas no Brasil, especialmente as pesquisas aplicadas, capazes de resolver problemas da sociedade. Neste contexto, as agências de fomento, assim como os governos, têm tido dificuldades em estabelecer prioridades na alocação de recursos. Dentre as instituições de pesquisas no Brasil, percebe-se que a rede federal de educação profissional, científica e tecnológica (RFEPCT) poderia desempenhar um papel mais relevante, uma vez que possui, dentre outras finalidades, a capacidade de gerar soluções técnicas e tecnológicas às demandas sociais e peculiaridades regionais, realizar e estimular a pesquisa aplicada e contribuir para o empreendedorismo, a transferência de tecnologias sociais e promover o desenvolvimento científico e tecnológico. Neste contexto, o objetivo do estudo é identificar os principais desafios da pesquisa na RFEPCT, considerando a percepção dos pesquisadores que atuam nos Institutos Federais de Educação, Ciência e Tecnologia; nos Centros Federais de Educação Tecnológica e na Universidade Tecnológica Federal do Paraná, apontando barreiras a serem superadas.